En 1990, la communauté internationale réunie en Conférence mondiale sur l’Education pour Tous à Jomtien (Thaïlande) adopte une déclaration et un plan d’action, par lesquels elle s’engage à répondre aux besoins éducatifs fondamentaux de tous. Elle souligne la priorité d’assurer l’accès des filles à l’éducation et d’améliorer la qualité de leur formation.

Depuis, plusieurs autres rencontres se sont succédé. Entre autres, la conférence panafricaine sur l’éducation des filles qui s’est tenue à Ouagadougou en 1993. Elle avait pour objectif, d’obtenir un consensus des décideurs africains sur l’éducation des filles. Les propositions suivantes en ont résulté :
 aborder les politiques concernant l’éducation des filles dans une optique multisectorielle ;
 commanditer des travaux de recherche approfondie sur le contexte socioculturel de l’éducation des filles,
 renforcer le milieu d’apprentissage des filles, centrer la planification, l’administration et la gestion de l’éducation sur les filles afin de répondre à leurs besoins éducatifs.
 institutionnaliser la recherche au niveau national et régional. Dans le cadre du suivi de cette conférence et compte tenu des défis à relever, le Burkina Faso a proposé la création d’un centre ouest africain qui servira de centre de référence et permettrait de « canaliser les énergies et orienter les actions en matière d’éducation des filles et des femmes, un centre de ressources, de formation et d’information ». En 1995 puis en 1997 et 1999, le Gouvernement du Burkina Faso en fait la proposition à l’UNESCO à la 28è, 29è et 30è session de la Conférence générale. C’est en 1999 que la 30ème session de la conférence générale de l’UNESCO prend note du projet de création du Centre et l’inscrit dans le 30/C5 au titre du Grand Programme I, Axe d’action 2.

En lieu et place d’un centre Ouest africain, le Directeur général de l’UNESCO a préconisé la création d’un centre international pour l’éducation des filles et des femmes Du 12 au 14 juillet 2000, sous l’égide du Bureau de l’UNESCO de Ouagadougou, une réunion de 46 experts en éducation et en approche genre venus de 16 pays africains, institutions et organisations non gouvernementales ont eu à se pencher sur les textes fondamentaux et le programme d’action initial du CIEFFA et fait des recommandations au Pays hôte qu’est le Burkina Faso et à l’UNESCO. Etaient présents les pays et institutions suivants : le Burkina Faso, la Côte d’Ivoire, le Mali, le Niger, la Gambie, le Sénégal, la République Démocratique du Congo, le Kenya, la Guinée Bissau, l’Ethiopie, la Guinée Conakry, le Ghana, le Malawi.

Au titre des Institutions et Organisations non gouvernementales, étaient représentés l’UNICEF (Fonds des Nations Unies pour l’Enfance), l’UNESCO (Organisation des Nations unies pour l’éducation, la science et la culture), la Banque mondiale, la CEA (Commission économique des Nations unies pour l’Afrique) , le Cathwel, l’UEMOA (Union économique et monétaire Ouest africaine) , l’OPF (Organisation panafricaine des Femmes), le FAWE (Forum for African Women Educationalists), l’institut de l’UNESCO pour l’Education de Hambourg en Allemagne. En janvier 2001, le Burkina Faso met en place une équipe légère de coordination, en application des recommandations de la réunion des experts ;

En juin 2001 le Burkina Faso pays hôte met à la disposition du Centre un siège provisoire. Il mettra plus tard deux terrains qui pourront servir, l’un pour bâtir le siège définitif, l’autre pour les locaux de formation ;

En juillet 2004, la 3è Conférence ordinaire des Chefs d’Etat et de Gouvernement de l’Union Africaine prend la décision (« Décision Assembly/AU/DEC.44(III) ») approuvant le principe de faire du CIEFFA une institution spécialisée de l’Union Africaine ;

En septembre 2004, se tient à Ouagadougou une réunion de Ministres africains de l’Education sur le CIEFFA. Au cours de cette réunion, le projet de Statuts est amendé et transmis à la Commission de l’Union Africaine ;

En octobre 2005, la 33è session de la Conférence générale de l’UNESCO donne une suite favorable à la demande d’admission du CIEFFA comme centre de catégorie 2 de l’UNESCO. Le 19 avril 2006, l’accord matérialisant le statut de catégorie 2 est signé.

Le 26 avril 2007 la Commission de l’Union Africaine réceptionne officiellement le CIEFFA.

Le 05 mars 2008 la Commission de l’Union Africaine et le Burkina Faso signent l’accord de siège du CIEFFA devant lui permettre de s’établir à Ouagadougou au Burkina Faso.